La desinfección del agua para uso humano tiene por finalidad la eliminación de los microorganismos patógenos contenidos en el agua que no han sido eliminados en las fases iniciales del tratamiento del agua.

La desinfección del agua es una operación necesaria en la planta de tratamiento de agua potable, para prevenir que esta sea dañina para nuestra salud. Muchas veces, tratándose de agua de manantiales naturales o de pozo, la desinfección es el único tratamiento que se le da al agua para obtener agua potable debido a que constituye una barrera eficaz para la destrucción de microorganismos patógenos (especialmente las bacterias).La desinfección puede hacerse por medios químicos o físicos y debe utilizarse tanto en aguas superficiales como en aguas subterráneas.