Quarentena é a reclusão de indivíduos ou animais sadios pelo período máximo de incubação de uma doença, contado a partir da data do último contato com um caso clínico ou portador, ou da data em que esse indivíduo sadio abandonou o local em que se encontrava a fonte de infecção ("infeção" em Portugal). Alguns autores substituem o termo "reclusão" por vigilância e observação dos comunicantes motivados por questões éticas, e menos afeitas ao poder de "polícia médica" ou biopoder.

Segundo Leser et al., o termo quarentena originou-se da prática medieval de manter sem comunicação nos portos em que arribavam, durante quarenta dias, os navios procedentes de determinadas áreas e sobretudo do oriente. Na prática atual, a quarentena corresponde ao período máximo de incubação da doença.

Contudo, observe-se que há considerável variação nos períodos de incubação de agentes patogênicos, as proteínas do prião, (príon) agente causador da doença de Creutzfeldt-Jakob ou Kuru, por exemplo, possuem um período de incubação que chega a 30 anos, (8 - 9 anos nos casos infantis). Na forma da doença de Creutzfeldt-Jakob é de 18 meses em casos de transplante de córnea e pouco mais de 2 anos em casos de contaminação após uso de eletrodos intracerebrais.

Ainda segundo Leser (o.c.) segundo a legislação sanitária internacional apenas quatro doenças são quarentenárias, a saber: varíola, peste, febre amarela e cólera na exigência de observação dos comunicantes de um paciente.

A quarentena difere do isolamento, por este segregar um doente do convívio das outras pessoas durante o período de transmissibilidade, a fim de evitar que outros indivíduos sejam infectados.

O termo também é usado em vários outros contextos, por extensão, para indicar que determinada pessoa, animal ou objeto deve permanecer isolado de outros de igual natureza por outros problemas que não apenas doenças contagiosas. Em informática usa-se em diversas aceções (acepções Brasil), como mensagens de correio eletrônico suspeitas de serem spam à espera da aprovação do utilizador.