O Conselho Ultramarino foi um órgão criado em Portugal no ano de 1642 durante o reinado de D. João IV, com atribuições em áreas financeiras e administrativas, primeiro, da África portuguesa e da Índia portuguesa e, depois, de todo o Ultramar Português, incluindo o Brasil.

Era composto por um presidente, do qual presidia o conselho; inicialmente, por três conselheiros, sendo dois fidalgos e um ligado a justiça e depois aumentado para quatro conselheiros; um secretário, do qual cabia redigir o parecer ou a consulta; um escrivão do Conselho da Fazenda do Estado da Índia; e dois porteiros, a escolher entre os da câmara do rei. Reuniam-se no Paço Real, todas as manhãs, das 7 às 10 no verão e das 8 às 11 horas no inverno.

A justificativa para a sua criação foi não haver no Reino de Portugal um tribunal separado para se tratarem nele os negócios daquelas partes (Estado da Índia e dos mais ultramarinos) e se fazem o despacho deles por Ministros obrigados a outras ocupações.

No conjunto das suas competências destacam-se a administração da Fazenda, a decisão sobre o movimento marítimo para a Índia, definindo as embarcações, a equipagem e as armas, o provimento de todos os ofícios de Justiça e Fazenda e a orientação dos negócios tocantes à guerra. Passavam, ainda, pelo Conselho Ultramarino os requerimentos de mercês por serviços prestados no Ultramar.

Com isso, o Conselho de Fazenda, deixou de ser o único órgão a tratar dos assuntos de Fazenda, tendo a competência dos dois conselhos definida da seguinte forma: se tratando de arrendamento, recebimento e dispêndio da Rendas Reais no Ultramar, o tribunal que competia para administrar toda esta fazenda e expedir os demais atos era o Conselho Ultramarino; enquanto que qualquer rendimento que, do Ultramar entrasse no Reino de Portugal, recairia sob a competência imediata e exclusiva do Conselho de Fazenda.

Segundo explicam as páginas na internet do Arquivo da Torre do Tombo, foi criado e regulamentado por Regimento de 14 de julho de 1642, para se ocupar de todas as matérias e negócios de qualquer qualidade que fossem relativos à Índia, Brasil, Guiné, ilhas de São Tomé, Cabo Verde, Açores, Madeira e todas as mais partes ultramarinas.

Pelo Regimento dos ordenados de 23 de março de 1754, verifica-se que à composição primitiva foi acrescentado um lugar de procurador da Fazenda, um de tesoureiro privativo com um escrivão e fiel, um executor das dívidas ativas, um solicitador da Fazenda e um contador dos Contos do Ultramar.

O Conselho Ultramarino funcionou em Lisboa até 1808, quando da transferência da Corte para o Brasil, que funcionou no Rio de Janeiro até 1821, quando do retorno a sua antiga sede em Portugal. Foi extinto por Decreto de 30 de agosto de 1833, passando as suas atribuições contenciosas a pertencer aos competentes juízes, as de administração da Fazenda ultramarina ao Tesouro Público, e as de jurisdição voluntária e graciosa à Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Ultramar. Por decreto de 23 de setembro de 1851 (publicado no Diário do Governo de 18 de outubro) foi criado um novo Conselho Ultramarino, o qual foi extinto por Lei de 23 de Setembro de 1868, tendo-lhe sucedido a Junta Consultiva do Ultramar.

Segundo o estudo do professor Marcello Caetano, correspondia ao antigo Conselho da India que Filipe II instituíra em 25 de julho de 1604. Sua competência era mais larga, pois abrangia matérias do Oriente e dos Estados da Índia, Brasil e Guiné e dos arquipélagos de Cabo Verde e São Tomé - com exceção das ilhas da Madeira, Açores e dos lugares de África.

Tornou-se com ele evidente que o eixo da política nacional portuguesa se localizava agora no Atlântico, devido à constante ameaça dos Países Baixos e da Inglaterra às possessões portuguesas da África e do Brasil. Pelo Conselho, «passaram todas as grandes questões, todos os problemas difíceis da administração ultramarina, a par do expediente quotidiano da burocracia inevitável e dos negócios relativos a um ror de soldados e funcionários em serviço ou reclamando mercês.».