El río Madre de Dios pertenece a la cuenca del Amazonas, y que atraviesa los países de Perú y Bolivia. Es afluente del río Beni. Tiene una longitud aproximada de 1 150 km y es un río trinacional, ya que discurre por la parte suroriental de Perú (655 km^[1]​ por la departamento de Madre de Dios) y noroccidental de Bolivia. Drena una cuenca de más de 100 000 km², y finaliza su recorrido por Brasil, donde desemboca hasta llegar al gran Amazonas.

Se encuentra en una zona muy húmeda de la Amazonía subandina, la Amazonía peruana, lo que explica su alto caudal. Permite una óptima navegabilidad , se puede viajar sin dificultades desde Puerto Maldonado hasta su confluencia con el río Beni.

Entre las muchas actividades, que se desarrollan en sus riberas, destacan las plantaciones de mango y la minería de oro, además de la tala selectiva de finas maderas y la agricultura, que provocan serios problemas ambientales. A lo largo del río se han establecido varios parques y reservas nacionales. En el Perú se hallan el parque nacional del Manu (también declarado como reserva de biosfera), el parque nacional del Bahuaja-Sonene y la reserva nacional del Tambopata; mientras que en Bolivia está la reserva nacional de vida silvestre Amazónica Manuripi-Heath.