La época hispánica de la historia de Colombia se extiende desde el inicio de la conquista por parte de los españoles en 1499 hasta la definitiva independencia del país, en torno al año 1822. Los primeros asentamientos españoles no prosperaron, siendo Santa Marta, fundada en 1525 por Rodrigo de Bastidas, la más antigua ciudad española que sobrevive en la actualidad en el continente americano. Tras la exploración de la costa Caribe, comenzó la exploración del interior, encomendada por España al Gobernador Fernández de Lugo, en busca de una ruta más corta a las riquezas del Perú, la comandó el Capitán Gonzalo Jiménez de Quesada, quien se adentró remontando el Río Magdalena. Entre tanto Pedro de Heredia completa la conquista de la costa al fundar Cartagena de Indias (1533).^[3]​

Jiménez de Quesada colonizó una vasta área en el interior de los Andes en Colombia, conquistando a la poderosa cultura Chibcha y fundando la ciudad de Santa Fe de Bogotá (c. 1538, actualmente Bogotá). Allí se reunió con las expediciones comandadas por Sebastián de Belalcázar que parte de Quito y la de los exploradores alemanes dirigidos por Nicolás de Federmán proveniente de Coro (Venezuela). Entonces los tres conquistadores viajaron a España para resolver sus diferencias, pero ninguno obtuvo lo que esperaba.^[4]​

Para nombrar al gobierno civil en la Nueva Granada, una Real Audiencia fue creada en Santa Fe de Bogotá en 1548-1549, un cuerpo que combinaba la autoridad ejecutiva y judicial, hasta cuando un presidente o gobernador fue establecido en 1564, asumiendo poderes ejecutivos. En este punto, la Nueva Granada era considerada una Capitanía General del Virreinato del Perú. La jurisdicción de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá se fue extendiendo con el tiempo sobre las provincias circuncidantes que se iban constituyendo alrededor del territorio correspondiente a la Nueva Granada.

Más adelante Santa fe se constituiría en la capital del Virreinato de Nueva Granada en 1717, que aunque suspendido en 1724, por problemas financieros, fue reinstaurado en 1740 y continuó hasta la pérdida del poder español sobre los territorios. El virreinato estaría conformado por las Audiencias de Santafé, Panamá y de Quito, y algunas provincias de lo que posteriormente sería la Capitanía General de Venezuela.^[5]​

Con las Gobernaciones de Cartagena, Santa Marta, El Nuevo Reino de Granada y la de Popayán, la Corona española autoriza a la Casa de Contratación para la emisión de capitulaciones a españoles para poblar y colonizar las Indias, al igual que enviar los prelados y concordar con la Santa Sede el envío de Obispos, prelados, párrocos y monjas a las Américas, esto se traducía en una lenta desmilitarización de la Administración y la instauración de la burocracia Colonial, a copia de la española. La conquista ha terminado, América es hispana.

La Casa de Contratación en Sevilla, fue el principal impulsor de la conquista y colonización de las Américas. Las Indias no fue considerada como colonia por la administración española, sino como reino (o parte de reinos), gobernado(s) directamente por el monarca, ya que la Corona era la dueña sobre las tierras y mares que se descubrieren y conquistaren, de acuerdo a las Capitulaciones. Además las Leyes de Burgos de 1512 establecen la Encomienda, para incorporar a los nativos a la civilización europea y evitar la extinción de la población, pero los encomenderos no acatan y desobedecen los mandatos reales, por ello los funcionarios reales solicitan su abolición. Luego se estableció la Mita, que obliga al natural a trabajar tanto al gobernador como al funcionario, ello conduce a una alta mortalidad indígena en el siglo xvi, y la necesidad de la colonización.

La encomienda se desarrolló con fuerza quizás por la disponibilidad de terrenos aptos para explotar, además de millones de mano de obra indígena "encomendable" a los españoles que poblaron la zona.