El sistema de los tres dominios es una clasificación biológica propuesta por Carl Woese y colaboradores en 1977, que clasifica el árbol de la vida en tres grupos, en la categoría más alta: Bacteria (en sentido restringido, excluyendo a las arqueas, a diferencia de la hasta en ese momento concepción del grupo), Arquea y Eucariota. Woese se basó en las diferencias encontradas en la secuencia del ARN ribosomal de la subunidad menor, para concluir que estos grupos se desarrollaron por separado de un progenitor común llamado progenote.

Este sistema llamado de tres dominios, reemplazó al anterior sistema de dos imperios formado por los grupos Eucariota y Procariota; sin embargo, a la luz de los postulados más recientes, es posible que se abandone este modelo ya que no corresponde con el árbol filogenético de la vida.^[2]​

Para describir estas tres grandes ramas, Woese se permitió tratarlas como dominios en 1990,^[1]​ siempre promoviendo la separación de los dos grupos procariotas.

Aunque rápidamente la mayoría de los sistematistas moleculares aceptó el sistema de tres dominios, algunos biólogos como Mayr lo criticaron por dar demasiado énfasis a la singularidad de las arqueas y por ignorar las fuertes similitudes entre los grupos.