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Ecossistemas aquáticos abrangem os ecossistemas de água doce: rios, lagos, lagoas e geleiras, assim como os recursos hídricos subterrâneos que são certos os lençóis freáticos e reservatórios subterrâneos; e também os ecossistemas marítimos e costeiros, como manguezais e restingas, nas áreas costeiras de mares e oceanos.
Segundo a Agência Nacional de Águas do Brasil (ANA), os ecossistemas aquáticos são analisados de acordo com o bioma ao qual pertencem, como a floresta amazônica, a caatinga, o cerrado e o pantanal, mata atlântica e os campos sulinos, e a zona costeira e marinha.
Significa todos os ecossistemas aquáticos, que tem um corpo de biótopo de água, tais como: mares, oceanos, rios, lagos, pântanos e assim por diante. Os dois mais importantes são: os ecossistemas marinhos e de água doce.