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Los hongos de las abejas son hongos patógenos de las abejas. Los géneros Rhizopus, Scopulariopsis y Trichoderma, los micélios matan crías y abejas adultas si están presentes en las colmenas y bajo ciertas condiciones de estrés. Su presencia en los colmenares o apiarios no es muy común.
Bettsia alvei es el hongo saprofito conocido como Hongo del polen encontrado en la colmena. Crece sobre las celdas que contienen polen almacenado, pareciendo las mismas algodón o una telaraña.
Hay levaduras de los géneros Saccharomyces y Torulopsis que pueden se patógenas de larvas o abejas adultas con menor frecuencia.