عرفت الثورة صراعات وأزمات داخل الولايات، ومنها الولاية الأولى التي أصبحت ضعيفة بعد إستشهاد مصطفى بن بولعيد بحكم الصراعات الداخلية، والتي عادة ما فسرت بالصراعات القبلية والعروشية السائدة في منطقة الأوراس، والتي برزت إلى السطح بمجرد إستشهاد القائد الكاريزماتي للمنطقة بن بولعيد. كما عرفت المنطقة مساع من بعض الجهات من أجل الاستقلال عن الولاية الأولى وهو مايعرف بقضية سوق أهراس ومساعي عمار بوقلاز لتحويلها إلى ولاية عسكرية لذاتها، فأدى ذلك إلى ظهور ما يعرف بالقاعدة الشرقية، والتي كانت تتحكم في عبور الأسلحة وإيصالها إلى الولايات العسكرية الشرقية، فأصبحت بذلك الولايات الأولى والثانية والثالثة تحت رحمة قيادة القاعدة الشرقية، كما كانت الولايات الرابعة والخامسة تحت رحمة القيادة الموجودة بالمغرب لأنها تتحكم في السلاح الآتي من الخارج وخاصة من أوروبا.